Y-kromosomin vertailutestillä määritetään, ovatko kaksi tai useampaa miestä biologisesti miespuolista sukua. Testissä verrataan suoraan miesten DNA-näytteitä toisiinsa, jotta voidaan määrittää ovatko he miespuolista sukua. Tämä eroaa paternaalisesta alkuperätestistä, jolla määritetään, mihin väestöryhmään kuulut DNA:si perusteella. Y-kromosomin vertailutestiä voidaan käyttää perhesuhteiden määritykseen, jos miehen oletettu isä ei ole saatavilla isyystestiä varten tai jotain toista sukulaisuustestiä ei voida tehdä samasta syystä. Poika perii Y-kromosominsa isältään, eikä se muutu juuri ollenkaan tai lainkaan perittäessä. Tällä perusteella miesten Y-kromosomia voidaan käyttää DNA-profiilien vertailuun ja määrittää, ovatko testattavat henkilöt biologisesti miespuolista sukua. Tällä tavalla biologisesti sukua olevilla miehillä on käytännössä identtiset Y-STR -profiilit, kun taas miehillä, jotka eivät ole sukua, on erilaiset profiilit. Huom: Vaikka Y-kromosomia vertailevalla analyysillä voidaan määrittää, ovatko miehet miespuolista sukua, niissä ei voida suoraan määrittää sukulaisuuden luonnetta, kuten isä/poika, setä/veljenpoika, isoisä/lapsenlapsi, jne. Testin hintaan sisältyy kahden henkilön testaus.